Prenataalieksomisekvensointi

Prenataalieksomisekvensoinnissa pyydetään tutkimusnimikkeellä Ts-PrenTri (14765) tai Ts-PrenDuo (14766) istukka- tai lapsivesinäytteestä. Kyseinen tutkimus tehdään lähtökohtaisesti aina trio- tai duotutkimuksena eli samalla tulee pyytää vanhempien tutkimukset B-Prenvanh (14370) tutkimuspyynnöllä.

Prenataalieksomisekvensointi pyydetään aina kiireellisenä eli vastaus pyritään aina antamaan kahden viikon sisällä näytteen saapumisesta laboratorioon, vastausaika voi poikkeustapauksissa kuitenkin laboratorioteknisistä syistä kestää yli kaksi viikkoa.

Prenataalieksomisekvensointia pyytävän lääkärin tulee informoida vanhempia tutkimukseen liittyvistä erityispiirteistä ja taata heille riittävä tiedonsaanti ennen tutkimusta ja tutkimuksen jälkeen. Tutkimus vaatii aina suostumuslomakkeen (ks. Suostumus).

Linkki Tutkimusohjekirjaan

Jokainen ihminen on yksilöllinen, ja myös perimäaineksessa on eri henkilöiden välillä runsaasti pieniä eroavaisuuksia. Valtaosta näistä muutoksista on luonteeltaan harmittomia. Erilaisten geenimuutosten eli varianttien tulkinta on toisinaan haastavaa. Suurin osa varianteista on täysin harmittomia, osa merkitykseltään epäselviä (VUS, Variant of Uncertain Significance) ja osa hyvin todennäköisesti tai varmasti sairautta aiheuttavia eli patogeenisiä variantteja.

Kyseessä on laaja geneettinen tutkimus, johon liittyy myös merkityksellisten muiden kuin rakennepoikkeavuuksia selittävien löydösten mahdollisuus, esimerkiksi kehitysvammaisuuteen tai aineenvaihduntasairauteen liittyvän patogeenisen geenivariantin tunnistaminen. Tällöin ennen tutkimusta tulee hoitavan lääkärin käydä huolellisesti läpi, mitä tutkimuksessa raportoidaan, ja mitä ei raportoida.

Trio-eksomitutkimusten yhteydessä pyydetään aina erillinen kirjallinen suostumus.

Prenataalieksomisekvensoinnin mahdolliset muut löydökset käydään läpi sikiödiagnostiikan työryhmässä ennen niiden raportointia. Ennen raportointia muiden löydösten raportoinnista keskustellaan yleensä lähettävän lääkärin kanssa.

Prenataalieksomisekvensoinnissa varianttien tulkinta tehdään käyttäen erilaisia in-silico ennusteohjelmia (REVEL, CADD yms.) ja tietokantoja kuten gnomAD, Clinvar ja HGMD. Varianttien luokittelu tapahtuu ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics) kansainvälisten kriteerien mukaisesti.

Prenataalieksomisekvenssoinnissa raportoidaan seuraavat löydökset

Patogeeniset ja todennäköisesti patogeeniset variantit, mikäli ne sopivat sikiöllä todettuihin rakennepoikkeavuuksiin. Merkitykseltään epäselviä VUS-variantteja autosomaalisesti dominantisti periytyvissä taudeissa ei pääsääntöisesti raportoida. Poikkeuksena on tilanne, jossa VUS-variantti sopii hyvin sikiöllä todettuun fenotyyppiin ja moniammatillisen tiimin arvion pohjalta VUS-variantti katsotaan aiheelliseksi lausua.

Autosomaalisesti resessiivisesti periytyvissä taudeissa, joiden geneettinen löydös sopii hyvin fenotyyppiin, raportoidaan patogeeniset variantit sekä VUS-variantit, mikäli toinen variantti luokittuu todennäköisesti. patogeeniseksi tai patogeeniseksi.

Tutkimuksessa voidaan raportoida sikiön kohdalla löydös, joka ei selitä sikiöllä todettuja rakennepoikkeavuuksia, mutta joka aiheuttaa lapsuusiällä alkavan vaikean sairauden ja sillä voi olla merkitystä raskauden jatkamiseen tai syntyvän lapsen hoitoon. Esimerkiksi kehitysvammaisuutta aiheuttava aspartyyliglukosaminuria (AGU) tauti tai vaikea aineenvaihduntasairaus, jonka hoito kannattaa aloittaa heti lapsen syntymän jälkeen.

Molemmilla vanhemmilla todettu autosomaalisen resessiivisen lapsuusiällä alkavan vaikean sairauden kantajuus, tai äidillä todeta X-kromosomaalisen vaikean sairauden kantajuus, vaikka sikiöllä ei todettaisi kyseistä sairautta. Tuloksella voi olla merkitystä mahdollisten tulevien raskauksien tai aikaisempien lasten kohdalla. Esimerkiksi tutkimuksessa voidaan raportoida molempien vanhempien kantajuus AGU-taudille, mikä voi vaikuttaa jatkossa perhesuunnitteluun ja perheen mahdollisten aikaisempien lasten riskiin sairastua AGU-tautiin.

Mikäli lähettävä lääkäri haluaa rajata tutkimuksessa raportoitavia löydöksiä suppeammaksi, tulee lähetetekstiin kirjata rajaukset.

Prenataalieksomisekvensoinnissa ei raportoida seuraavia löydöksiä

• ACMG-listauksen mukaisia sivulöydöksiä
• Merkittävästi alentuneen penetranssin riskitekijöitä tai alttiuksia sikiön tai vanhemman kohdalla
• Yksittäisiä heterotsygoottisia autosomaalisten resessiivisten tautien kantajuuksia
• Mitokondriaalisen DNA:n varianteista johtuvia sairauksia

Teknisanalyyttisistä syistä johtuen menetelmällä ei voida osoittaa toistojaksovariantteja, genomisen kokoluokan uudelleenjärjestymiä (esim. translokaatiot), kopiolukumuutoksia, joiden koko on pienempi kuin kaksi eksonia, syvällä intronissa sijaitsevia variantteja tai matala-asteista mosaikismia. Mikäli geenillä on hyvin homologinen pseudogeeni tai sen alueella sijaitsee segmentaalisia duplikaatioita, geeniä ei välttämättä voida luotettavasti analysoida.