Prenataalieksomisekvensointi
Avainsanat:Ihmisen perimäaines koostuu DNA:sta, joka sisältää geenien muodossa kaikkien kehomme erilaisten proteiinien rakennusohjeet. Lääkäri voi tehdä lähetteen prenataalieksomisekvensointiin, kun sikiöllä on todettu raskausaikana rakennepoikkeavuuksia, mitkä voisivat viitata geneettiseen vaikeaan kehityshäiriöön. Prenataalieksomisekvensointi on laaja geenitutkimus, jossa tutkitaan NGS-menetelmää (Next Generation Sequencing) käyttäen samanaikaisesti kaikkien koodaavien geenien eksonit. Prenataalieksomisekvensoinnissa raportoidaan geenivirheet, joiden arvioidaan todennäköisesti selittävän sikiöllä todetun poikkeavuuden/poikkeavuudet.
Prenataalieksomisekvensoinnissa raportoidaan myös geenivirheet, jotka voivat aiheuttaa lapsuusiässä alkavan merkittävän sairauden. Tällaisia merkittävinä pidettäviä sairauksia ovat esimerkiksi kehitysvammaisuutta aiheuttava aspartyyliglukosaminuria (AGU) tauti tai aineenvaihduntasairaus, jonka hoito kannattaa aloittaa heti lapsen syntymän jälkeen.
Yleistä
Prenataalieksomisekvensointi pyydetään tutkimusnimikkeellä Ts-PrenTri (14765) tai Ts-PrenDuo (14766) istukka- tai lapsivesinäytteestä. Kyseinen tutkimus tehdään lähtökohtaisesti aina trio- tai duotutkimuksena eli samalla tulee pyytää vanhempien tutkimukset B-Prenvanh (14370) tutkimuspyynnöllä. Lisäksi tulee pyytää äidinsolukontaminaation tutkimus (Ts-Makon-D 13449).
Prenataalieksomisekvensointi pyydetään aina kiireellisenä eli vastaus pyritään aina antamaan kahden viikon sisällä näytteen saapumisesta laboratorioon, vastausaika voi poikkeustapauksissa kuitenkin laboratorioteknisistä syistä kestää yli kaksi viikkoa.
Prenataalieksomisekvensointia pyytävän lääkärin tulee informoida vanhempia tutkimukseen liittyvistä erityispiirteistä ja taata heille riittävä tiedonsaanti ennen tutkimusta ja tutkimuksen jälkeen. Tutkimus vaatii aina suostumuslomakkeen (ks. Suostumus).
Prenataalieksomisekvensoinnin erityispiirteet
Jokainen ihminen on yksilöllinen, ja myös perimäaineksessa on eri henkilöiden välillä runsaasti pieniä eroavaisuuksia. Valtaosta näistä muutoksista on luonteeltaan harmittomia. Erilaisten geenimuutosten eli varianttien tulkinta on toisinaan haastavaa. Suurin osa varianteista on täysin harmittomia, osa merkitykseltään epäselviä (VUS, Variant of Uncertain Significance) ja osa hyvin todennäköisesti tai varmasti sairautta aiheuttavia eli patogeenisiä variantteja
Kyseessä on laaja geneettinen tutkimus, johon liittyy myös merkityksellisten muiden kuin rakennepoikkeavuuksia selittävien löydösten mahdollisuus, esimerkiksi kehitysvammaisuuteen tai aineenvaihduntasairauteen liittyvän patogeenisen geenivariantin tunnistaminen.
Trio-eksomitutkimusten yhteydessä pyydetään aina erillinen kirjallinen suostumus
Prenataalieksomisekvensoinnin mahdolliset muut löydökset käydään läpi sikiödiagnostiikan työryhmässä ennen niiden raportointia. Ennen raportointia muiden löydösten raportoinnista keskustellaan yleensä lähettävän lääkärin kanssa
Prenataalieksomisekvensoinnissa varianttien tulkinta tehdään käyttäen erilaisia in-silico ennusteohjelmia (REVEL, CADD yms.) ja tietokantoja kuten gnomAD, Clinvar ja HGMD. Varianttien luokittelu tapahtuu ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics) kansainvälisten kriteerien mukaisesti
Prenataalieksomisekvenssoinnissa raportoidaan seuraavat löydökset
Patogeeniset ja todennäköisesti patogeeniset variantit, mikäli ne sopivat sikiöllä todettuihin rakennepoikkeavuuksiin. Merkitykseltään epäselviä VUS-variantteja autosomaalisesti dominantisti periytyvissä taudeissa ei pääsääntöisesti raportoida. Poikkeuksena on tilanne, jossa VUS-variantti sopii hyvin sikiöllä todettuun fenotyyppiin ja moniammatillisen tiimin arvion pohjalta VUS-variantti katsotaan aiheelliseksi lausua
Autosomaalisesti resessiivisesti periytyvissä taudeissa, joiden geneettinen löydös sopii hyvin fenotyyppiin, raportoidaan patogeeniset variantit sekä VUS-variantit, mikäli toinen variantti luokittuu todennäköisesti patogeeniseksi tai patogeeniseksi
Tutkimuksessa voidaan raportoida sikiön kohdalla löydös, joka ei selitä sikiöllä todettuja rakennepoikkeavuuksia, mutta joka aiheuttaa lapsuusiällä alkavan vaikean sairauden ja sillä voi olla merkitystä raskauden jatkamiseen tai syntyvän lapsen hoitoon. Esimerkiksi kehitysvammaisuutta aiheuttava aspartyyliglukosaminuria (AGU) tauti tai vaikea aineenvaihduntasairaus, jonka hoito kannattaa aloittaa heti lapsen syntymän jälkeen
Molemmilla vanhemmilla todettu autosomaalisen resessiivisen lapsuusiällä alkavan vaikean sairauden kantajuus, tai äidillä todeta X-kromosomaalisen vaikean sairauden kantajuus, vaikka sikiöllä ei todettaisi kyseistä sairautta. Tuloksella voi olla merkitystä mahdollisten tulevien raskauksien tai aikaisempien lasten kohdalla. Esimerkiksi tutkimuksessa voidaan raportoida molempien vanhempien kantajuus AGU-taudille, mikä voi vaikuttaa jatkossa perhesuunnitteluun ja perheen mahdollisten aikaisempien lasten riskiin sairastua AGU-tautiin
Mikäli lähettävä lääkäri haluaa rajata tutkimuksessa raportoitavia löydöksiä suppeammaksi, tulee lähetetekstiin kirjata rajaukset
Prenataalieksomisekvensoinnissa ei raportoida seuraavia löydöksiä
- ACMG-listauksen mukaisia sivulöydöksiä
- Merkittävästi alentuneen penetranssin riskitekijöitä tai alttiuksia sikiön tai vanhemman kohdalla
- Yksittäisiä heterotsygoottisia autosomaalisten resessiivisten tautien kantajuuksia
- Mitokondriaalisen DNA:n varianteista johtuvia sairauksia
Teknisanalyyttisistä syistä johtuen menetelmällä ei voida osoittaa toistojaksovariantteja, genomisen kokoluokan uudelleenjärjestymiä (esim. translokaatiot), pienempikokoisia kopiolukumuutoksia (koko pienempi kuin kaksi eksonia), syvällä intronissa sijaitsevia variantteja tai matala-asteista mosaikismia. Mikäli geenillä on hyvin homologinen pseudogeeni tai sen alueella sijaitsee segmentaalisia duplikaatioita, geeniä ei välttämättä voida luotettavasti analysoida.
Toimipisteet
Lääketieteellisen genetiikan laboratorio
Laboratorio on erikoistunut sytogenetiikan ja perinnöllisten tautien molekyyligenetiikan tutkimuksiin.