NIPT: raskausajan seulontatutkimus

Ennen NIPT-tutkimuksen näytteenottoa odottajalle kerrotaan testistä ja sen tulokseen liittyvistä asioista riittävästi ja selkeästi. NIPT-näytteenoton ja tutkimuksen voi tilata vain terveydenhuollon ammattilainen. Tutkimusta varten täytetään ensisijaisesti sähköinen lähete, mutta mikäli sähköisiä yhteyksiä ei ole käytettävissä täytetään paperinen lähete. Tutkimusta varten otetaan äidiltä laskimoverinäyte Streck-putkeen, joka lähetetään analysoitavaksi Tyks Genomiikan Laboratorioon. Mikäli pyydetään laaja seulontatutkimus B-NIPTdel (kts. tutkimusvaihtoehdot alla), tulee täyttää myös suostumuslomake ja lähettää se näytteen mukana laboratorioon (katso kohta laajan tutkimuksen suostumuslomake).

• Lähete ja potilasohje
• Laboratorion tutkimusohjekirja

Laboratoriossa tutkimuksessa analysoidaan sikiön soluvapaata DNA:ta (cell free fetal DNA, cffDNA), joka on peräisin istukasta. Sikiön soluvapaata DNA:ta voidaan todeta äidin verenkierrossa riittävä määrä NIPT-tutkimusta varten raskausviikosta 10 eteenpäin.

Testin tuloksen tulkitsee terveydenhuollon ammattilainen. Tulos valmistuu tyypillisesti 7–10 arkipäivän kuluessa, mutta vastaus saattaa viivästyä teknisistä syistä. Joskus otetussa näytteessä on liian vähän sikiön soluvapaata DNA:ta NIPT-tutkimusta varten. Tällöin laboratorio informoi tutkimuksen tilannutta kätilöä tai lääkäriä, jotta he tekevät uuden pyynnön verinäytteenottoa varten.

Tutkimusmenetelmänä käytetään Illuminan Veriseq v2-menetelmää (illumina.com). Menetelmä perustuu matalapeittoiseen koko genomin sekvensointiin, ja tulokset analysoidaan tarkoitukseen kehitetyllä bioinformatiikkaohjelmistolla (Individual Fetal Aneuploidy Confidence Test, iFACT). Menetelmä on IVDR-hyväksytty. Menetelmällä on mahdollista todeta kaikkien kromosomien lukumäärämuutokset sekä ne kromosomin sisäiset kopiolukumuutokset, joiden koko on suurempi kuin 7 Mb (kts. eri tutkimusvaihtoehdot). Kopiolukumuutosten analyysiä ei ole kohdennettu tiettyihin oireyhtymiin, vaan missä tahansa genomin osassa oleva kopiolukumuutos voidaan todeta, kunhan sen koko on yli 7 Mb. Vastaavasti tiettyjä pienempiä tunnettuja kopiolukumuutoksia, kuten esimerkiksi 22q11-alueen DiGeorge-oireyhtymään liittyviä deleetioita, ei menetelmällä voida selvittää. Kopiolukumuutoksen tutkimusta suunnitellessa voi ottaa yhteyttä Tyks Genomiikan laboratorioon testin soveltuvuuden varmistamiseksi.

Tutkimuksen herkkyys ja tarkkuus

Valmistajan ilmoittama herkkyys ja tarkkuus: Kromosomien 13, 18 ja 21 osalta herkkyys on >99.9% ja tarkkuus >99.9%. Harvinaisten autosomaalisten aneuploidioiden osalta herkkyys on 96.4% ja tarkkuus 99.8%. Yli 7 Mb:n kopiolukumuutosten osalta herkkyys on 74.1% (validointiaineisto sisältää mosaiikkisia näytteitä) ja tarkkuus 99.4% Sukupuolikromosomien osalta konkordanssi on 100% (XX, XY, XXX, XXY). X0 ja XYY-muutosten osalta konkordanssi on 90.5% ja 91.7% (Pertile et al. 2021, Clin Chem).

Laajan B-NIPTdel -tutkimuksen tilaamisen yhteydessä on tärkeää keskustella sattumalöydösten mahdollisuudesta ja merkityksestä ennen suostumuksen allekirjoittamista. Tutkimuksen tekeminen edellyttää aina äidiltä saatua suostumusta. Allekirjoittamalla suostumuksen äiti hyväksyy mahdollisten sattumalöydösten tutkimisen ja raportoinnin.

Suostumuslomake:

Edut

NIPT-tutkimusta varten tarvittava verinäyte otetaan odottavalta äidiltä. Näin vältetään kajoaviin toimenpiteisiin (istukka- ja lapsivesinäytteenotto) liittyvä pieni keskenmenoriski. NIPT-tutkimus voidaan tehdä jo raskausviikolta 10 alkaen. NIPT-tutkimus voidaan tehdä myös kaksosraskauksissa ja luovutetuista sukusoluista alkaneessa raskaudessa.

Rajoitteet

NIPT-tutkimus on seulontatutkimus, jonka tulos on laskennallinen riski sikiön kromosomipoikkeavuudelle. Myös sikiön sukupuoli on laskennallinen ennuste. Seulontatutkimus tarkoittaa, että vaikka testi on erittäin luotettava, on olemassa vähäinen riski väärään positiiviseen tai negatiiviseen tulokseen. Koska NIPT-tutkimus ei ole diagnostinen tutkimus, on poikkeava tulos aina varmistettava lapsivesitutkimuksella. Normaali tulos ei sulje pois mahdollisuutta, että sikiöllä on kromosomipoikkeavuus tai muu geneettinen muutos (esim. geenivirheestä johtuva), jota ei käytetyllä menetelmällä voida todeta. Lisäksi mm. äidin merkittävä ylipaino, jotkut lääkeaineet ja elintensiirrot voivat vaikuttaa tutkimuksen tuloksen luotettavuuteen. NIPT-tutkimusta ei suositella tehtäväksi, jos raskaus on alun perin ollut kaksosraskaus ja toisen sikiöistä todetaan menehtyneen.

Sukupuolen määrityksen herkkyys tutkimuksessa on n. 99,5 % eli pienessä osassa NIPT-tutkimuksia ennustettu sukupuoli ei vastaa sikiön todellista sukupuolta, koska sikiön sukupuoli määritellään laskennallisen ennusteen perusteella. Sukupuolikromosomien muutosten osalta tutkimuksella voidaan todeta X0-, XXX-, XXY- ja XYY-poikkeavuudet. Kaksosten sukupuolen osalta näytteestä tutkitaan Y-kromosomi. Jos Y-kromosomia ei todeta, molemmat sikiöistä ovat tyttöjä. Jos taas Y-kromosomi todetaan, tutkimus ennustaa joko toisen tai molempien sikiöiden olevan poikia.

Poikkeavan NIPT-tutkimuksen tuloksen perusteella ei kaksosraskauksissa pystytä selvittämään kummalla sikiöistä todettu kromosomimuutos on, vaan tämän selvittämiseksi tarvitaan aina lapsivesinäyte.

Laajassa NIPTdel-testissä voidaan harvinaisissa tilanteissa todeta löydös, joka saattaa viitata muutoksen olevan peräisin äidistä eikä sikiöstä. Tämä voi johtua esim. äidin synnynnäisestä kromosomimuutoksesta tai pahanlaatuisesta kasvaimesta. Mikäli tällainen sivulöydös todetaan, tutkittava tulee ohjata riittävän neuvonnan piiriin löydöksen merkityksen selventämiseksi.

Seulontatutkimus (B-NIPTseu 13808) tilataan ultraäänitutkimuksen yhteydessä. Seulassa tutkitaan vain sikiön kromosomien 13, 18 ja 21 lukumäärien muutoksia. Sukupuolikromosomeja ei tutkita. Yhdessä ultraäänitutkimuksen kanssa tehtynä NIPT-seula korvaa aikaisemmin seulontatutkimuksena käytetyn ensimmäisen trimesterin seulan (S-Tr1Seul, 4548).

Lähete (Ahvenanmaa):

Perustutkimuksessa (B-NIPTtri 6373) seulotaan sikiön yleisimpiä kromosomimuutoksia eli kromosomien 13, 18, 21, X ja Y lukumäärien muutoksia. Vastauksessa kerrotaan haluttaessa sikiön ennustettu sukupuoli. Jos sukupuolikromosomien määrässä todetaan muutos eli tulos ei ole XX tai XY, tieto ilmoitetaan vastauksessa, vaikka sikiön sukupuolta ei olisikaan haluttu tietää.

Laajassa tutkimuksessa (B-NIPTdel 6374) seulotaan kaikkien kromosomien yli- ja alimääriä sekä lisäksi suuria (yli 7 megaemäsparin kokoisia) kopiolukumuutoksia (duplikaatioita ja deleetioita), joilla voi olla kliinistä merkitystä. Tällaiset muutokset voivat vaikuttaa sikiön kasvuun, ilmetä esim. rakennepoikkeavuuksina tai vaikuttaa istukan toimintaan. Joskus laajassa NIPT-tutkimuksessa todetut muutokset rajoittuvat vain istukkaan tai esiintyvät ns. mosaiikkimuotoisena. Vastauksessa kerrotaan haluttaessa sikiön ennustettu sukupuoli. Jos sukupuolikromosomien määrässä todetaan muutos (tulos ei ole XX tai XY), tieto ilmoitetaan vastauksessa, vaikka sikiön sukupuolta ei olisikaan haluttu tietää.