Ammattilaiselle Murupolku Etusivu Ammattilaiselle Eksomisekvensointi Eksomisekvensointi Avainsanat: Tyks Laboratoriot Genomiikka Eksomisekvensointi on laaja geenitutkimus, jossa tutkitaan NGS-menetelmää (Next Generation Sequencing) käyttäen samanaikaisesti kaikkien koodaavien geenien eksonit. Lisäksi mukana on muutamia eri sairauksiin liitettyjä ei-koodaavia geenejä. Eksomisekvensointia käytetään erityisesti epäiltäessä geneettistä sairautta tapauksissa, joissa oirekuva ei viittaa suoraan mihinkään tiettyyn sairauteen tai oirekuva on laaja-alainen. Eksomisekvensointia suositellaan nykyisin ensilinjan tutkimuksena kehitysvamman geneettisenä etiologisena tutkimuksena. Eksomisekvensoinnista löytyy tarkempaa tietoa tutkimusohjekirjasta. Lista kokoeksomisekvensoinnin geeneistä. Eksomisekvensointi vaatii aina suostumuksen, joka löytyy tältä sivulta sekä Tyks Laboratorioiden lähetteet ja läheteohjeet -sivulta. Ennen tutkimusta potilasta tulee informoida eksomitutkimukseen liittyvistä erityispiirteistä ja sekä pyytää suostumus tutkimukseen. Potilastiedote eksomitutkimuksesta (pdf) Suostumus eksomitutkimukseen (pdf) Prenataalieksomisekvensoinnin tiedotteet ja suostumukset. Trio- ja duoeksomi Erityisesti lapsipotilaiden kohdalla eksomitutkimusten analysointia pystytään parantamaan selvästi, jos samalla kertaa tutkitaan myös kummankin vanhemman näytteet lapsen näytteen lisäksi. Trio-eksomi parantaa tutkitusti diagnostista osuvuutta pelkkään potilaan oman näytteen tutkimiseen verrattuna, sekä mahdollistaa hankalasti tulkittavien varianttien tai kopiolukumuutosten tarkemman luokittelun. Trio-eksomiin tarvitaan molemmille vanhemmille omat laboratoriopyynnöt ja yhteisen suostumuslomakkeen tulee olla allekirjoitettu myös molempien vanhempien osalta (ks. suostumus). Mikäli toisen vanhemman näytettä ei ole saatavilla trioeksomitutkimusta varten, voidaan tehdä myös duoeksomitutkimus, jossa lapsen näytteen lisäksi analysoidaan vain toisen vanhemman näyte (linkki ohjekirjaan). Kuten trio-eksomitutkimuksessa, vanhemmalle tarvitaan oma pyyntö ja allekirjoitettu suostumus. Eksomitutkimusten erityispiirteet Jokainen ihminen on yksilöllinen, ja myös perimäaineksessa on eri henkilöiden välillä runsaasti pieniä eroavaisuuksia. Valtaosta näistä muutoksista on luonteeltaan harmittomia. Erilaisten geenimuutosten eli varianttien tulkinta on toisinaan haastavaa. Suurin osa varianteista on täysin harmittomia, osa merkitykseltään epäselviä (VUS, Variant of Unknown Significance) ja osa hyvin todennäköisesti tai varmasti sairautta aiheuttavia eli patogeenisiä variantteja. Vaikka valtaosa VUS-varianteista on luonteeltaan harmittomia, osa niistä voi olla myös sairautta aiheuttavia. Eksomissa tutkitaan paljon erilaisia sairausgeenejä, joten sivulöydösten riski kasvaa. ACMG (American College of Medical Genetics) on julkaissut kansainväliset suositukset geeneistä, joiden analyysi tulisi sisällyttää eksomitutkimukseen. Sivulöydökset näissä geeneissä sisällytetään osaksi laboratoriovastausta, mikäli potilas on antanut suostumuksen niiden raportoimiseen. Näissä geeneissä olevat todennäköisesti patogeeniset tai patogeeniset variantit liittyvät erilaisiin sairauksiin, joiden riskiin ja ennusteeseen voidaan vaikuttaa aikaisen diagnoosin avulla. Esimerkkinä mainittakoon perinnölliseen rinta- ja munasarjasyöpäalttiuteen liittyvät BRCA1- ja BRCA2-geenit sekä erilaiset rytmihäiriösairaudet. Sivulöydösten suositus (ACMG SF v.3.2) Suostumus Kyseessä on hyvin laaja geneettinen tutkimus, johon liittyy myös merkityksellisten sivulöydösten mahdollisuus, joten potilaalta/huoltajalta tulee pyytää aina kirjallinen lupa ennen tutkimusta. Tällöin ennen tutkimusta tulee hoitavan lääkärin kanssa käydä huolellisesti läpi myös erilaisten sivulöydösten mahdollisuus ja merkitys. Eksomi-, trio- ja duoeksomitutkimusten yhteydessä pyydetään aina erillinen kirjallinen suostumus, jotta laboratorio tietää raportoidaanko myös mahdolliset sivulöydökset. ACMG:n yleisesti suosittelemien geenien lisäksi voidaan eksomitutkimuksen lausunnossa raportoida myös muissa geeneissä sijaitsevia sivulöydöksiä, mikäli niillä arvioidaan olevan suoraan merkitystä potilaan terveydentilan kannalta ja tuloksen perusteella voidaan vaikuttaa sairastumisriskeihin. Merkitykseltään epäselviä VUS-variantteja ei lausuta sivulöydöksinä, vaan ainoastaan variantit, joita pidetään todennäköisesti patogeenisinä tai patogeenisinä. Suostumus eksomitutkimukseen (pdf) Toimipisteet Lääketieteellisen genetiikan laboratorio Ammattilaiselle Laboratorio on erikoistunut sytogenetiikan ja perinnöllisten tautien molekyyligenetiikan tutkimuksiin. Tulosta sivu