Tyks alkaa testata koronavirusvariantteja kaikista näytteistä - jatkossa tulos mahdollista saada alle viikossa

Turun yliopistollinen keskussairaala, Tyks alkaa testata virusvariantteja kaikista koronanäytteistä helmi-maaliskuun vaihteesta alkaen. Jatkossa koronanäytteistä tehdään ensin uudentyyppinen PCR-testi, jonka perusteella saadaan tieto mahdollisesta brittivariantista. Kaikki epäilyttävät kannat sekvensoidaan eli niistä luetaan viruksen geneettinen koodi. Tämän ansiosta saadaan kiinni erityisen ärhäkästi leviävät koronaviruksen variantit huomattavasti aiempaa nopeammin, noin 3-7 päivässä.

Tyks Laboratorioissa pystytään lähiaikoina erottamaan todennäköiset brittivariantit suoraan muista SARS-CoV-2-koronaviruksista. Tieto variantista saadaan jatkossa heti näytteen analysoinnin yhteydessä ja asiakkaat saavat vastauksen mahdollisesta variantista samanaikaisesti positiivisen koronatestituloksensa kanssa. Käytännössä PCR-testi tehdään yhtäaikaisesti niin sanotun SARS-CoV-2 seulontatestin kanssa.

Tavoitteena on saada lopullinen vastaus asiakkaille 3-7 vuorokauden kuluttua näytteenotosta. Toistaiseksi koronaviruksen varianttien tunnistamista ei ole tehty Tyksissä, ja tuloksen saaminen on kestänyt vähintään kaksi viikkoa.

– Olemme muokanneet kehittämäämme omavalmistus-PCR-testiä intensiivisesti useiden viikkojen ajan, jotta saisimme mahdollisimman nopeasti tiedon virusvariantista tartunnanjäljittäjille. Pyrimme kaiken aikaa kehittämään PCR-testiä edelleen niin, että jo sen perusteella voitaisiin heti tunnistaa brittivariantin lisäksi myös eteläafrikkalaiseen ja brasilialaiseen virusvarianttiin viittaavat kannat, kertoo Tyksin molekyylimikrobiologian ja virologian ylilääkäri Tytti Vuorinen.

Käytännössä tartunnanjäljittäjille saadaan heti tieto mahdollisen virusvariantin löytymisestä. Tulos varmistetaan seuraavina päivinä sekvensoimalla. Lisäksi on mahdollista sekvensoida kaikki muutkin seulontatestissä löytyneet virukset, jos on pienikin syy epäillä muuntunutta varianttia. Kehitystyö tehdään Kliinisen mikrobiologian molekyylimikrobiologian ja virologian laboratoriossa.

Jopa 2 500 testiä vuorokaudessa

Koronatestien määrät ovat kasvaneet moninkertaisesti kuluneen vuoden aikana. Maaliskuussa 2020 päivittäin analysoitiin vain muutamia kymmeniä koronatestejä, huhtikuussa 2020 jo useita satoja ja elokuusta 2020 alkaen päivittäinen kapasiteetti on ollut nelinumeroinen. 

– Maksimissaan pystymme analysoimaan tällä hetkellä noin 2 500 testiä vuorokaudessa. Seuraamme vasteaikaamme koko ajan. Koronatestien tulokset on pandemian aikana vastattu keskimäärin 0,5-1,5 vuorokauden kuluessa näytteenotosta. Parhaimmillaan koko prosessi ajanvarauksesta vastaukseen menee läpi muutamassa tunnissa, kliinisen mikrobiologian vastuualuejohtaja Kaisu Rantakokko-Jalava kertoo.

Tyksissä analysoidaan tällä hetkellä noin 8 000 Varsinais-Suomessa otettua koronavirusnäytettä viikoittain. Tyks Laboratoriot on pystynyt vastaamaan koronavirustestaustarpeeseen Varsinais-Suomen alueella hyvin koko koronapandemian ajan.

Koronapandemia on nopeuttanut diagnostiikan kehittymistä moninkertaisesti

Koronapandemian hallinta edellyttää entistä monimutkaisempaa ja työläämpää diagnostiikkaa. Viruksen geneettisen koodin luenta eli variaatioiden sekvensointi on tästä yksi esimerkki.

– Nyt epidemiologisessa seurannassa ja tieteellisessä tutkimustyössä käytettyjä työkaluja tuodaan niin sanotusti etulinjaan eli arjen potilastyöhön. Nähdäkseni kliinisen mikrobiologian maailma muuttuu koronan myötä pysyvästi. Suurin muutos on sekvensointitoiminnan merkittävä nopeutuminen. Olemme koronan myötä siirtymässä kokonaan uuteen vaiheeseen, molekyylimikrobiologian aikakauteen. Mikrobiologisista potilasnäytteistä tuotetaan massadataa, jota analysoidaan bioinformatiikan keinoin, ylilääkäri Antti Hakanen Tyksin laboratoriotoimialueelta kertoo.

Esimerkiksi geenimonistuksen massiivinen käyttöönotto maailmanlaajuisesti virusinfektioiden diagnostiikassa oli viime vuonna aivan uutta.